อีวานเกเลียน มหาสงครามวันพิพากษา

เทวทูตหวนกลับมาโจมตีโตเกียวสามอีกครั้งในปี 2015 มิซาโตะ คัตสึรางิส่งตัวชินจิไปที่กองบัญชาการเนิร์ฟซึ่งอยู่ภายใต้การดูแลของเก็นโด พ่อที่ห่างเหินของชินจิ

หลังจากได้ขับอีวาหมายเลขหนึ่ง ชินจิฟื้นขึ้นมาที่โรงพยาบาลโดยไม่เหลือความทรงจำเกี่ยวกับการต่อสู้ มิซาโตะสงสารก็เลยยอมให้ย้ายมาอยู่ด้วย

ข่าวเรื่องที่ชินจิเป็นคนขับอีวาแพร่ไปทั่วโรงเรียนจนเพื่อนร่วมชั้นอย่างโทจิโกรธเคืองเขา แล้วเทวทูตตัวหนึ่งก็โผล่มาทำให้ชินจิต้องขับอีวาสู้ศึกอีกครั้ง

ข่าวเรื่องที่ชินจิเป็นคนขับอีวาแพร่ไปทั่วโรงเรียนจนเพื่อนร่วมชั้นอย่างโทจิโกรธเคืองเขา แล้วเทวทูตตัวหนึ่งก็โผล่มาทำให้ชินจิต้องขับอีวาสู้ศึกอีกครั้ง

ดูเหมือนว่าอายานามิ เร คนบังคับอีวาหมายเลขศูนย์จะหายดีแล้ว ทว่าเธอคนนี้กลับไม่มีทั้งเพื่อน ข้อมูลเกี่ยวกับอดีต และกะจิตกะใจที่อยากจะทำความรู้จักชินจิเลย

เมื่อเทวทูตตัวที่ห้าเจาะระบบเนิร์ฟ มิซาโตะต้องนำทีมออกปฏิบัติการยาชิมะซึ่งต้องแปรพลังงานทั้งหมดในญี่ปุ่นไปให้ไรเฟิลโพซิตรอนเพื่อกำจัดเทวทูตรามีเอล

ริตสึโกะบอกสาเหตุที่แท้จริงในการพุ่งชนครั้งที่สองซึ่งปกปิดไว้ให้ชินจิรู้ จากนั้นเธอกับมิซาโตะก็ไปร่วมการทดสอบภาคสนามของหุ่นที่จะมาเป็นคู่แข่งของอีวา

ชินจิกับเพื่อนๆ ไปทะเลกับมิซาโตะเพื่อพบอีวาหมายเลขสองและคนบังคับชื่ออาซูกะ โดยมีคาจิ เรียวจิ เพื่อนเก่าของมิซาโตะที่มีเป้าหมายบางอย่างร่วมทางไปด้วย

อาซูกะกับชินจิต้องเผชิญหน้ากับเทวทูตอีกตัวทั้งที่เป็นฝ่ายเสียเปรียบ ทั้งคู่มีเวลาหกวันเพื่อฝึกกระบวนท่าทำลายศัตรูที่ต้องอาศัยความเป็นหนึ่งเดียวกัน

เนิร์ฟค้นพบตัวอ่อนเทวทูตที่หลับใหลอยู่ในปล่องภูเขาไฟ จึงส่งอาซูกะและหมายเลขสองไปเก็บกู้ด้วยอุปกรณ์ที่ออกแบบมาเพื่อใช้กับลาวาใต้พิภพ

โตเกียวสามสูญเสียพลังงานทั้งหมดไปทันทีที่ตรวจพบเทวทูตอีกตัว เหล่านักขับอีวาต้องหาทางลงไปที่ฐานระหว่างที่เนิร์ฟก็ต้องเตรียมทุกหมายเลขเองหมด

เมื่อเก็นโดกับฟูยุตสึกิอยู่ที่แอนตาร์กติกา มิซาโตะที่เพิ่งเลื่อนขั้นหมาดๆ ก็ต้องกุมบังเหียนจัดการเทวทูตตัวใหม่ที่ปรากฏตัวบนโลกและหวังจะระเบิดโตเกียวสาม

เทวทูตแทรกซึมเข้าไปในเนิร์ฟและเจาะระบบซูเปอร์คอมพิวเตอร์เมไจได้อย่างรวดเร็ว ริตสึโกะเสนอให้เขียนโปรแกรมที่จะบีบให้เจ้าเทวทูตตัวนี้วิวัฒนาการจนทำลายตัวเอง

ขณะที่เซเลอประเมินเนิร์ฟและพฤติกรรมของเก็นโดจากเทวทูตตั้งแต่ตัวที่สามถึงตัวที่สิบเอ็ด ริตสึโกะทำการทดสอบโดยให้นักขับสลับอีวากัน

ชินจิเจอพ่อที่หลุมศพของแม่เป็นครั้งแรกในรอบหลายปี ริตสึโกะ มิซาโตะและเรียวจิไปร่วมงานแต่ง ส่วนอาซูกะมีนัดเดต

ระหว่างการต่อสู้ ชินจิกับหมายเลขหนึ่งถูกเงาที่แผ่ขยายของเทวทูตดูดกลืน ขณะที่เนิร์ฟกลัวว่าทั้งคู่จะพ่ายแพ้ ชินจิก็ได้สัมผัสประสบการณ์ประหลาด

เนิร์ฟสาขาสองที่เนวาดาหายไปพร้อมกับอีวาหมายเลขสี่ ระหว่างรอหมายเลขสาม เก็นโดก็สั่งให้ริตสึโกะมอบหมายว่าใครจะเป็นคนขับ

อีวาหมายเลขสามจากสหรัฐอเมริกาเดินทางมาถึงแล้ว ทว่าชินจิยังไม่รู้ว่าคนขับเป็นใคร ระหว่างการทดสอบ เนิร์ฟค้นพบว่าหมายเลขสามถูกเทวทูตครอบงำ

ชินจิที่ยังกระวนกระวายใจหลังการต่อสู้ผ่านพ้นไปสาบานว่าจะเลิกขับอีวาและลาออกจากเนิร์ฟอีกครั้ง แต่ในจังหวะที่เขาจะจากไปนั้น เทวทูตอีกตัวก็บุกโจมตีเสียก่อน

เมื่อบรรลุอัตราการประสานที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน ชินจิกับหมายเลขหนึ่งรวมเป็นหนึ่งเดียว เนิร์ฟพยายามช่วยเขากลับมาก่อนที่เขาจะหลุดออกจากร่าง

เมื่อเซเลอลักพาตัวฟูยุตสึกิไปสอบสวนเรื่องเนิร์ฟและเจตนาที่แท้จริงของเก็นโด เรื่องราวในอดีตก็เปิดเผย ส่วนเรียวจิหายตัวไป

อัตราการประสานที่ยังตกลงเรื่อยๆ ทำให้อาซูกะเสียความมั่นใจ เธอหมายมั่นจะพิสูจน์คุณค่าในตัวเองจนถึงขั้นฝ่าฝืนคำสั่งระหว่างการต่อสู้

อาซูกะที่ยังต้องพยายามอีกมากได้รับคำสั่งให้ช่วยเรสู้กับเทวทูตตัวที่ 16 เมื่อทำไม่สำเร็จ เรต้องยอมทำทุกวิถีทางเพื่อช่วยชินจิให้ได้

นางิซะ คาโอรุ เด็กคนที่ห้ามาปรากฏตัวที่เนิร์ฟเพื่อขับอีวาหมายเลขสองแทนอาซูกะ ถึงเขาจะเป็นมิตรกับชินจิ แต่ก็เต็มไปด้วยปริศนา

โครงการเครื่องมือมนุษย์เริ่มต้นขึ้น จิตวิญญาณของมนุษยชาติหลอมรวมกัน เหล่านักขับอีวาต้องเผชิญหน้ากับสัจธรรมแห่งการดำรงอยู่ของตัวตนก่อนความเป็นจริงจะสูญสลาย

โครงการเครื่องมือมนุษย์ยังดำเนินต่อไป ชินจิต้องตัดสินใจว่าจะแบกรับโลกนี้เพียงลำพัง หรือโอบกอดสายสัมพันธ์กับคนอื่นๆ