ดร.สโตน เจ้าแห่งวิทยาศาสตร์กู้คืนอารยธรรมโลก

พวกเซ็นคูทำให้สึคาสะอยู่ในสภาพหลับใหล ตัดสินใจเผชิญหน้ากับผู้อยู่เบื้องหลังที่ทำให้กลายเป็นหิน ได้กัปตันผู้เชี่ยวชาญการเดินเรือริวเซย์มาเป็นพวกพ้อง และนั่งบอลลูนร้อนไปหาสมบัติ ค้นหาเชื้อเพลิงสำหรับเรือ น้ำมัน รายงานจากเหนืออากาศเห็นแผนที่ของราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ เวลานั้นเองชาวบ้านได้ประสบปัญหาเรื่องอาหาร เซ็นคูและพวกไทจุเริ่มแผนการ แสงที่ทำให้มนุษย์กลายเป็นหินนับพันปีสู่โลกใหม่ที่ไม่มีใครล่วงรู้

เพราะความพยายามของพวกไทจุ ราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์จึงมีทุ่งข้าวสาลี แต่พออบขนมปังออกมากลับไหม้เกรียม พวกเซ็นคูที่เผชิญกับความสิ้นหวัง ตัดสินใจปลุกเชฟมืออาชีพ ทำให้ฟรองซัวส์ที่เป็นผู้ช่วยและเชฟส่วนตัวของริวเซย์ตื่นขึ้น เซ็นคูต้องการเก็บขนมปังเป็นเสบียง ฟรองซัวส์ตอบสนองความปรารถนาของเขา อีกด้านเซ็นคูก็ตอบแทนความปรารถนาของนักข่าวมินามิ ลงมือทำผลผลิตทางวิทยาศาสตร์

เซ็นคูได้รับกล้องถ่ายรูป ถ่ายรูปจากบอลลูนลมร้อน แต่ว่าหาบ่อน้ำมันจากรูปถ่ายไม่เจอ เข้าสู่ฤดูเก็บเกี่ยวของฤดูใบไม้ร่วง เพื่อรวบรวมเสบียงฟรองซัวส์และซุยกะค้นหาหมูป่าและเห็ดทรัฟเฟิล เซ็นคูเห็นท่าแล้ว คิดถึงเรื่องบางทีอาจจะใช้หมูป่าค้นหาบ่อน้ำมันได้ เวลานั้นเอง พวกเซ็นคูได้ทดลองสร้างสิ่งประดิษฐ์ทางวิทยาศาสตร์ชิ้นใหม่ แต่ไม่รู้ทำไมระบบสื่อสารถึงขัดข้อง

พวกเซ็นคูได้รับข้อความปริศนาที่มาจาก "วายแมน" เพื่อตามหาโฉมหน้าที่แท้จริง เซ็นคู ริวเซย์ โครม เก็น อุเคียวห้าทหารเสือ เปิดประชุมกลยุทธ์ของราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ เพื่อรับมือกับศัตรูที่มองไม่เห็น เซ็นคูคิดที่จะใช้สิ่งที่เรียกว่าดวงตาแห่งวิทยาศาสตร์อย่างเรดาร์กับโซนาร์ เพื่อตามหาวายแมน โครมที่รู้ว่าเรดาร์มีความสามารถที่รับรู้ท้องฟ้ากับใต้ทะเลได้นั้น ดูเหมือนจะนึกบางอย่างขึ้นได้

ราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ตื่นเต้นกับการที่โครมหาภูเขาคุงะได้ จึงเจอแร่กับน้ำมันจำนวนมหาศาล เพราะงั้นจึงสร้างรถลากสำหรับขุดเหมืองและถนนยางมะตอย และยังสร้างเส้นทางขนสินค้าได้ ทว่าเทคนิคการสร้างเรือกลขนาดใหญ่ก็ยังลำบาก เซ็นคูถูกบีบให้เปลี่ยนแผน เวลานี้เองริวเซย์ที่อยากสร้างเรือใบกลมากกว่าใคร ได้เสนอวิธีออกมา เพื่อที่จะออกไปสู่ท้องทะเลจึงสร้างเรือลำนี้เรื่องราวกำลังมาถึงจุดที่เข้มข้นที่สุด

เรือแห่งวิทยาศาสตร์เพอร์ซิอุสในที่สุดก็สำเร็จแล้ว พิธีคัดคนที่ขึ้นเรือ มุ่งสู่อีกฟากของมหาสมุทรที่ไม่มีใครไปถึง เป้าหมายคือจุดที่ยานอวกาศของเบียคุยะหลับใหลอยู่ "แดนแห่งต้นกำเนิด" ในนิทานร้อยเรื่อง ก่อนออกเดินทาง เซ็นคูได้ฟังนิทานร้อยเรื่องของมิโกะที่สืบทอดต่อกันมา เขาเชื่อว่า "แพลทินัม" ที่หายากสุด ๆ อยู่ในยานลำนั้น ในเวลานั้นเอง พวกเขาได้รู้ความลับบางอย่างที่สำคัญจากคนในหมู่บ้าน

พวกเซ็นคูมาถึงเกาะสมบัติที่มีแพลทินัมหลับใหลอยู่ พวกเขารีบเข้าไปตามหาชาวเกาะและยานอวกาศ สมาชิกที่รอคำสั่งอยู่บนเรือ จะต้องสำรวจบริเวณรอบ ๆ และใต้ทะเล อุเคียวเห็นเกาะที่ร้างแต่กลับเต็มไปด้วยรูปปั้นหินแล้วก็เกิดสงสัย เวลานั้นเอง ริวเซย์ที่อยู่บนเรือสัมผัสได้ถึงสายตาใครบางคน อีกด้านหนึ่ง พวกเซ็นคูด้วยความช่วยเหลือของวิทยาศาสตร์ เจอชาวเกาะคนแรก มันเข้าใกล้ข้อมูลที่เขาอยากได้มากขึ้นเรื่อย ๆ

เซ็นคูทำให้สาวงามบนเกาะอมาริลลิสมาเป็นพวกได้ ตั้งแต่ห้าปีก่อนแล้วที่อมาริลลิส รู้ว่ามือขวาและซ้ายของผู้นำเกาะ ไชริเกะและคิริทาเมะ ใช้อาวุธทำให้กลายเป็นหิน ก็พยายามหาโอกาสขโมยมันตลอด เซ็นคูที่ได้ยินเรื่องราวนี้เข้า ก็รีบวางแผนสอดแนมทันที เพื่อสืบสถานการณ์โดยรอบของผู้นำ ทว่า สิ่งที่สำคัญที่สุดในแผนการคือห้องทดลองวิทยาศาสตร์ แต่มันอยู่บนเรือเพอร์ซิอุสนั้น ผู้ที่มองเห็นสถานการณ์นั้นจากไกล ๆ นั้น

ตอนที่เรือโดนโจมตีนั้น ซุยกะที่รอดมาได้จากความช่วยเหลือของริวเซย์ และกิงโรที่ลงไปใต้ทะเลเพื่อหลบลำแสง ซ่อนตัวอยู่บนเรือเพอร์ซิอุสที่ศัตรูยึดครองอยู่ ทั้งสองได้รับข่าวที่ชวนให้สิ้นหวังจากโคฮาคุ เพื่อที่จะส่งมอบห้องวิทยาศาสตร์ให้ถึงมือเซ็นคู จึงคิดที่จะหนีจากเรือ อีกด้านเซ็นคูเพื่อค้นหาความลับที่ทำให้กลายเป็นหิน พยายามหาวิธีแทรกซึมเข้าไปวังหลังแล้ว ปฏิบัติการทำให้โคฮาคุกลายเป็นสาวงามจึงเริ่มต้นขึ้น

อาศัยพลังแห่งวิทยาศาสตร์ ทำให้โคฮาคุกับกิงโรกลายเป็นสาวงามได้สำเร็จ เพื่อชิงอาวุธที่ทำให้กลายเป็นหินจากมือผู้นำ พวกเขาและอมาริลลิสเข้าร่วม "พิธีเลือกสาวงาม" เพื่อเข้าวังหลัง โคฮาคุที่สวมหูฟังสำหรับสอดแนมคอยฟังคำสั่งของเซ็นคู เพื่อตามหาฐานที่มั่นของศัตรู เซ็นคูเตรียมตัวทำสงครามกลางอากาศกับท่านผู้นำ จึงได้เตรียมไอเทมวิทยาศาสตร์ชิ้นใหม่ เวลานี้สัญญาณลับที่ส่งมาจากสายลับที่สอดแนมก็คือ...

โคฮาคุลอบเข้าไปฐานที่มั่นของศัตรู พร้อมกับเจอห้องเก็บกล่องสมบัติที่มี "แพลทินัม" สุดหายาก ทว่า แพลทินัมถูกปกปิดด้วยคอนกรีตที่หนามาก ยากที่จะเอาออกมาได้ เซ็นคูกับโคฮาคุร่วมมือกัน ท้าทายโดยไม่ทำให้ศัตรูรู้ตัวได้ ทำภารกิจเปิดกล่องสมบัติชิงแพลทินัม เบียคุยะที่ใช้ชีวิตที่เหลืออยู่บนเกาะแห่งนี้ เพื่อทิ้งสมบัติชิ้นนี้ไว้ให้แก่เซ็นคู สุดท้ายจะได้มาอยู่ในมือหรือไม่

หลังจากที่พวกเซ็นคูได้เจอไอเทมสุดหายากที่หลับใหลบนเกาะสมบัติ แพลตตินัม พวกเขาไม่รอท่า ใช้วิธีทางวิทยาศาสตร์สร้างกรดไนตริก "เครื่องจักรที่ผลิตน้ำยาฟื้นชีพไม่จำกัด" ขึ้นมา พวกเซ็นคิดจะคลายความเป็นหินให้ช่างฝีมือ แต่คนของอาณาจักรวิทยาศาสตร์ที่กลายเป็นหินกลับถูกธอว์นโยนลงทะเล ตอนนั้นเซ็นคูตัดสินใจช่วยพวกริวซุยที่ถูกย้ายไปยังฮาเร็มก่อน เขาขอให้โคฮาคุช่วยเข้าไปในฮาเร็ม เพื่อช่วยพวกพ้องออกมา

หลังจากคืนชีพคาเซกิสำเร็จ เซ็นคูและสหายพยายามหาหนทางช่วยคนอื่นๆ และสร้างโดรนขึ้นมา ส่วนกินโรได้ล่วงรู้ความลับที่น่าตกใจ

อมาริลลิสเล่าเรื่องของกินโรกับโคฮาคุพร้อมกับความลับของอาณาจักรให้เซ็นคูและผองเพื่อนรับรู้ ส่วนโมซโผล่มาแบบไม่ให้ทันตั้งตัวระหว่างที่ทุกคนกำลังปะติดปะต่อเบาะแสต่างๆ

ขณะที่อุบายโจมตีของโมซสร้างความหวาดหวั่นให้อาณาจักรลำแสงหิน เซ็นคูและคนอื่นๆ ก็ได้สร้างอาวุธใหม่ที่ทรงพลัง เพื่อเตรียมตัวเผชิญศึกครั้งสุดท้าย

ขณะที่คินโรนำทีมต้านทัพนักรบฝ่ายศัตรู ทีมของริวซุยก็รอจังหวะที่จะใช้โดรนชิงอุปกรณ์แปลงเป็นหิน

ขณะที่คินโรนำทีมต้านทัพนักรบฝ่ายศัตรู ทีมของริวซุยก็รอจังหวะที่จะใช้โดรนชิงอุปกรณ์แปลงเป็นหิน

เมื่อหลังชนฝา พวกของเซ็นคุจึงขึ้นเรือเพอร์เซอุสเพื่อหาทางหยุดยั้งไม่ให้อิบาระเปลี่ยนทั้งเกาะเป็นหิน ทว่ากลับถูกมอซโจมตี ฝ่ายเซ็นคุตัดสินใจทำเรื่องสุดเสี่ยง

เมื่อตระหนักว่าโมซถือไพ่เหนือกว่า เฮียวงะจึงกระโจนลงมาจากเรือแล้วว่ายน้ำไปที่เกาะ จากนั้นก็ปรับหอกให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น

หลังการไตร่ตรองในนาทีสุดท้ายช่วยให้เซ็นคูหลบเลี่ยงการกลายเป็นหินได้สำเร็จ เขาเผชิญหน้ากับอิบาระในการต่อสู้ครั้งสุดท้ายเพื่อช่วงชิงอุปกรณ์แปลงเป็นหิน

หลังจากเซ็นคูชุบชีวิตเพื่อนให้ฟื้นขึ้นมาแล้ว ทุกคนก็ช่วยกันซ่อมแซมเรือเพอร์ซิอุส จากนั้นพวกเขาก็พยายามติดต่อรูริ แต่กลับมีสัญญาณที่ไม่คาดคิดเข้ามารบกวน

ก่อนกลับบ้านเพื่อเตรียมตัวเดินทางไปดวงจันทร์ เซ็นคูและคนอื่นๆ ก็หันไปจับมือเป็นพันธมิตรกับชาวเกาะ ส่วนโซยุสต้องตัดสินใจทำบางอย่าง