ดร.สโตน เจ้าแห่งวิทยาศาสตร์กู้คืนอารยธรรมโลก

มีเพียงเซ็นคูคนเดียวเท่านั้นที่ตื่นขึ้นมาในยุคหินใหม่ อาศัยพลังสมองและวิทยาศาสตร์ เริ่มสร้างอารยธรรมใหม่ขึ้นจากศูนย์ เพื่อต่อต้านกับชิชิโอ สึคาสะที่จะใช้กำลังเอาชนะ เซ็นคูและราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ได้สร้างอาวุธที่แข็งแกร่งที่สุดในสงคราม "มือถือ" และวิจัยอุปกรณ์เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ เซ็นคูที่เตรียมเปิดศึกกับจักรวรรดิสึคาสะ ได้รู้แผนลับบางอย่างจากปากของเก็น

ในที่สุดสงครามยุคหินก็เริ่มเปิดฉาก เพื่อติดตั้งโทรศัพท์ที่จักรวรรดิสึคาสะ จะต้องจับตัวผู้จับตามองจากกองทัพสึคาสะอย่างโฮมูระก่อน เซ็นคูได้สร้างไอเทมตกใจเป็นไฟแฟลช และระเบิดเสียงเพื่อล่อโฮมูระเอาไว้ แต่อดีตนักยิมนาสติกอย่างโฮมูระ เคลื่อนไหวคล่องแคล่ว อีกแค่นิดเดียวก็จะจับตัวเธอได้แล้ว โฮมูระไล่ตามพวกโครมขนโทรศัพท์ไปนั้น เซ็นคูได้ใช้ไอเทมวิทยาศาสตร์ในการติดตามเธอ

หลังจากที่จับตัวผู้จับตาจากกองทัพสึคาสะได้ "ฮอตไลน์" ระหว่างราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์และจักรวรรดิสึคาสะก็เชื่อมกันได้สำเร็จ ไทจุและยูสึริฮะที่แฝงตัวเป้นสายลับในจักรวรรดิสึคาสะ อีกด้านหนึ่ง โครมถูกมือธนูของกองทัพสึคาสะอุเคียวจับได้ ไม่ง่ายเลยกว่าเก็นจะกลับมาที่ราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ได้ และเริ่มแผนการลับลิเลียนทันที เพื่อดึงนิคกี้ที่เป็นคนจับมองไทจุมาเป็นพวก

เซ็นคูและเก็นใช้แผนลับ ทำให้ได้นิคกี้มาเป็นพวก นิคกี้คือแฟนคลับเดนตายของลิเลียน เซ็นคูและเก็นรับการฝึกนรกของเธอ เพื่อดึงพวกพ้องเพิ่ม แม็กม่าที่กลับมายังหมู่บ้านนั้น เอาเรื่องที่โครมถูกทัพสึคาสะจับตัวไป ทุกคนเร่งรีบที่จะไปช่วย อีกด้านโครมที่ถูกอุเคียวจับตัวมาขังไว้ที่ถ้ำปาฏิหาริย์ ในที่สุดหมู่บ้านอิชิกามิตัวแทนของวิทยาศาสตร์และพละกำลังอย่างจักรวรรดิสึคาสะ ก็เผชิญหน้ากัน

เพื่อขนอุปกรณ์วิทยาศาสตร์จำนวนมากไปที่จักรวรรดิสึคาสะ เซ็นคูประกาศว่าจะทำ "รถยนต์" จึงสร้างรถจักรไอน้ำและสวมล้อไม้ไผ่ "รถจักรไอน้ำขบวนกอริลลา" จึงถือกำเนิดขึ้น เซ็นคูได้ให้คำสัญญากับผู้เฒ่าในหมู่บ้านว่าจะกลับมาแน่นอน ก่อนจะมุ่งหน้าไปที่จักรวรรดิสึคาสะ ตามข้อมูลที่ซุยกะสืบมาโครมถูกขังในคุกที่สร้างจากไม้ไผ่ เพื่อช่วยโครมกลับมาเซ็นคูจึงดัดแปลงรถจักรใหม่ เพิ่มกำลังรบขึ้น

เพื่อที่จะรบกับกองทัพสึคาสะ พวกเซ็นคูและรถจจักรขบวนไอน้ำกอริลลาถูกดัดแปลงจนกลายเป็น "รถถัง" ที่มีการป้องกันที่แข็งแกร่ง อีกด้านโครมที่ถูกขังอยู่ในจักรวรรดิสึคาสะนั้น ไม่ได้รอความช่วยเหลือจากเซ็นคูอยู่ฝ่ายเดียว แต่คิดที่จะแหกคุกไปด้วยตัวเอง โยอดีตตำรวจที่เฝ้าดูนั้น เพื่อแหกคุกแล้วโครมได้รวบรวมสมุนไพรไว้ เดิมพันด้วยเกียรติของนักวิทยาศาสตร์ คิดจะตัดสินเป็นตายเพื่อแหกคุกได้เริ่มต้นแล้ว

โครมอาศัยความรู้ทางวิทยาศาสตร์สลัดโยที่เฝ้าคุกไป อาศัยความสามารถตัวเองแหกคุกไปได้สำเร็จ อีกด้านเก็นใช้แผนมือถือปลอมตัวเป็นลิเลียน ค่อย ๆ เพิ่มสมาชิกขึ้นเรื่อย ๆ แต่อุเคียวที่มีความสามารถในการฟังขั้นสูงนั้น หลังจากได้ยินแผ่นเสียง ก็จับได้ว่าเก็นปลอมเสียงของลิเลียน ทำให้พวกเซ็นคูตกอยู่ในอันตราย แต่อุเคียวได้เห็นยูสึริฮะทำ "ภารกิจลับสุดยอด" จึงตัดสินใจที่จะทำข้อตกลงกับเซ็นคู

เมื่อได้เจอกับไทจุและยูสึริฮะแล้ว พวกเซ็นคูก็เผชิญหน้าศึกสุดท้ายของจักรวรรดิสึคาสะ จำเป็นที่จะต้องใช้เวลา 20 วินาที มาชิง "ถ้ำแห่งปาฏิหาริย์" มา เพื่อชิงกรดไนตริดที่สร้างดินปืนและน้ำคืนสภาพหิน เปิดศึกด้วยกฎที่ว่า "ห้ามฆ่าใครแม้แต่คนเดียว" ใช้รถจักรไอน้ำขบวนกอริลลาที่เสริมความแข็งแกร่ง จัดการฝ่ายศัตรูในคราวเดียว รวมกับอาวุธเสียงโจมตี เดิมพันเต็มรูปเพื่อชิงถ้ำปาฏิหาริย์

พวกเซ็นคูชิงถ้ำปาฏิหาริย์มาได้ ทว่าสึคาสะกับเฮียวงะที่สังเกตการต่อสู้ได้นั้น ทำให้สถานการณ์พลิกกลับ ไพ่ใบสุดท้าย สมุนไพรที่จะใช้ทำระเบิดถูกทำลายลง ด้วยความสามารถต่อสู้ที่เหนือชั้นกว่าของอีกฝ่าย ราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ไม่มีแผนต่อ โคฮาคุก็เชื่อว่าเซ็นคูจะสร้างชัยชนะได้จึงต่อสู้ต่อ เซ็นคูใช้โอกาสสุดท้ายที่เหลือสร้างอาวุธที่แข็งแกร่งที่สุดทางวิทยาศาสตร์ และปล่อยมันไปกลางอากาศ

ใช้วัตถุดิบที่เหลืออยู่สร้าง "ไดนาไมท์" ขึ้นมา เซ็นคูก็เป็นฝ่ายได้รับชัยชนะ เซ็นคูอยากหยุดสงคราม เงื่อนไขคือชุบชีวิตมิไรน้องสาวสึคาสะที่สมองตายให้ฟื้นขึ้น ใช้น้ำยาฟื้นคืนสภาพหินปลุกให้ตื่นขึ้นนั้น เป็นครั้งแรกที่ได้พบกับสึคาสะในรอบหลายพันปี โครมสังเกตว่าไดนาไมท์โดนคนขโมยไปบางส่วน และโฮมูระที่ถูกจับตัวไว้หายไป จักรวรรดิสึคาสะอยู่ในบรรยากาศตึงเครียด

เพราะถูกเฮียวงะทรยศ สึคาสะได้รับบาดเจ็บหนัก เขาพยายามใช้แรงเฮือกสุดท้าย ด้วยการจับคู่กับเซ็นคู จึงเอาชนะเฮียวงะได้ สงครามอันยาวนานก็สิ้นสุดลง ครั้งนี้เซ็นคูประกาศว่าจะอาศัยพลังของทุกคนร่วมกันสร้างราชอาณาจักรวิทยาศาสตร์ แต่ว่าบาดแผลที่สึคาสะโดนแทงที่หน้าอกถูกแทงลึกเกินไป ไม่มีวิธีที่รักษาเขาได้ทันที มีเพียงวิธีเดียวเท่านั้นที่จะช่วยสึคาสะได้ เซ็นคูจึงได้ตัดสินใจลงไป