สตาร์ วอร์ส: เดอะ โคลน วอร์ส

โยดาและทหารโคลนสามตัวต้องต่อสู้กับนักฆ่าของเคานท์ดูกูผู้มีชื่อว่าเวนเทรสและกองทัพดรอยด์ของเธอ เพื่อพิสูจน์ว่าเจไดนั้นแข็งแกร่งพอที่จะปกป้องดาวเคราะห์ยุทธศาสตร์และสร้างสนธิสัญญาให้กับสาธารณรัฐ

การโจมตีจากอาวุธใหม่ของขบวนการแบ่งแยกทำให้อาจารย์เจได โพล คูนและทหารโคลนของเขาต้องดิ้นรนเอาชีวิตรอด จนกว่าที่อนาคินและอาโซก้าจะหาพวกเขาพบ

อนาคินใช้ยานทิ้งระเบิดวาย-วิงเพื่อนำทัพโจมตียานมาเลโวเลนซ์ของนายพลกรีวัสและอาวุธทำลายล้างของมัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากพาดาวัน อาโซก้าและอาจารย์เจไดโพล คูน

แพดเม่ อมิดาล่าและซีทรีพีโอถูกนายพลกรีวัสจับไปเป็นตัวประกัน เหลือเพียงอนาคินและโอบีวันที่จะต้องช่วยสมาชิกวุฒิสภาและทำลายมาเลโวเลนซ์ให้สำเร็จ

ที่ด่านอันแสนไกล เจ้าหน้าที่โคลน เร็กซ์และโคดี้ต้องช่วยผลักดันหน่วยรบน้องใหม่ให้เชื่อมั่นในตัวเองเพื่อต่อกรกับการบุกรุกของกองทัพดรอยด์คอมมานโด

อาร์ทูดีทูหายตัวไประหว่างการต่อสู่สุดดุเดือดในอวกาศ อนาคินจะต้องหาเขาให้พบก่อนที่ขบวนการแบ่งแยกจะพบความลับของกองกำลังทหารเจไดที่ฝังอยู่ในหน่วยความจำจองอาร์ทูดีทู

อนาคิน อาโซก้า และอาร์ทรี ดรอยด์ตัวแทน พบว่าอาร์ทูดีทูถูกจับกุมอยู่ที่ฐานลับดักฟังศัตรูของนายพลกรีวัส พวกเขาจึงออกเดินทางไปทำภารกิจสองเป้าหมาย เพื่อช่วยและทำลาย

จาร์ จาร์ บิงคส์เป็นอัศวินเจไดอย่างนั้นเหรอ ขบวนการแบ่งแยกเกิดคำถาม เมื่อวีรบุรุษกันแกนและซีทรีพีโอต่อสู้เพื่อช่วยแพดเม่ อมิดาล่าจากหายนะในกำมือของอุปราชนู้ท กันเรย์

อาโซก้าและอาจารย์เจไดลูมินาร่าคุมตัวอุปราชนู้ท กันเรย์ไปฟังการพิจารณาคดี โดยที่พวกเขาไม่รู้ตัวว่าเคานท์ดูกูได้ส่งนักฆ่าอย่างอาซาจ เวนเทรสมาเพื่อปล่อยตัวนักโทษและกำจัดเจได

เมื่อเคานท์ดูกูนำทางอาจารย์เจไดคิท ฟิสโต้ และเจไดมอนคาลามารี นาห์ดาร์ เว็บบ์ อดีตพาดาวันของเขาไปยังดินแดนชั่วร้ายกรีวัส นายพลกรีวัสจะต้องพิสูจน์ตัวเองว่าเขาคู่ควรกับขบวนการแบ่งแยก

ระหว่างที่พยายามลักพาตัวเคานท์ดูกู อนาคินและโอบีวันค้นพบว่าซิธลอร์ดได้ถูกพวกโจรสลัดจับตัวไปแล้ว

ระหว่างที่กำลังเจรจาค่าไถ่ของเคานท์ดูกู อนาคินและโอบีวันถูกจับไปเป็นนักโทษ เจไดและซิธจึงร่วมพันธมิตรกันอย่างไม่น่าเชื่อเพื่อหนีออกไปให้ได้ โดยมีจาร์ จาร์ บิงคส์เป็นความหวังเดียว

อนาคินบาดเจ็บสาหัส นายพลอะยาล่า ซีคูล่าจึงต้องสอนอาโซก้าให้เข้าใจถึงปรัชญาการไม่ยึดติดของเจได ขณะที่พวกเขาขึ้นไปบนดาวอันตรายเพื่อขอความช่วยเหลือทางรักษาอัศวินเจได

ระหว่างที่เจไดต่อสู้กับอาวุธใหม่ของขบวนการแบ่งแยก เลอร์เมนผู้รักความสงบต้องตัดสินใจว่าจะยอมสยบให้กับขบวนการแบ่งแยก หรือร่วมรบกับอนาคิน อาโซก้า และนายพลอะยาล่า ซีคูล่า

ระหว่างการตรวจสอบการหายตัวไปของกองกำลังรักษาความปลอดภัยโคลน อนาคินและโอบีวันดันเข้าไปพัวพันในปัญหารุนแรงระหว่างเจ้าถิ่นขนฟูของดินแดนน้ำแข็งรกร้างและตัวแทนจอมโลภจากดวงจันทร์

อนาคินและโอบีวันพบหลักฐานของคนทรยศในกองทัพ ระหว่างพยายามนำกองกำลังสาธารณรัฐไปปลดปล่อยดาวคริสตอฟซิสจากการโอบล้อมของขบวนการแบ่งแยก

แพดเม่และจาร์ จาร์ถูกจับตัวไป ระหว่างค้นหาห้องทดลองอาวุธลับทางชีวภาพของขบวนการแบ่งแยก จุดประกายให้อนาคิน โอบีวัน และอาโซก้าพยายามช่วยเพื่อนของพวกเขาและหยุดการปล่อยไวรัสชั่วร้าย

ไวรัสบลูชาโดว์ถูกปล่อยออกมาแล้ว อาโซก้าได้รับเชื้อ แพดเม่ ทหารโคลน อนาคินและโอบีวันจึงต้องรีบตามหายาต้านไวรัสบนดาวลึกลับที่ไม่เคยมีผู้ใดเข้าไปแลัวได้กลับออกมา

อาโซก้าขัดคำสั่งของอนาคินและสูญเสียฝูงเครื่องบินรบไปเป็นจำนวนมาก ทำให้อนาคินต้องช่วยสั่งสอนพาดาวันของเขาให้เข้าใจถึงอำนาจของผู้บังคับบัญชา และให้โอกาสแก้ตัว

เพื่อทำลายอาวุธอันทรงพลังของขบวนการแบ่งแยก โอบีวันและกองกำลังโคลนจึงเข้าไปยังเมืองๆ หนึ่ง และค้นพบว่าประชาชนของเมืองนั้นกำลังถูกใช้เป็นโล่มนุษย์

เมื่อพลังของเมซ วินดู อ่อนแรง เขาจะต้องเกลี้ยกล่อมแชม ซินดุลล่า นักรบอิสระแห่งทวิเลคให้ร่วมมือกับเขาเพื่อช่วยเมืองหลวงจากการทำลายล้างของพวกดรอยด์

เพื่อให้ลอร์ดซีโร่ เดอะฮัตต์พ้นโทษ นักล่าเงินรางวัลเข้าควบคุมอาคารวุฒิสภาและจับตัวประกัน โดยที่ไม่รู้ว่าอัศวินเจได อนาคิน สกายวอล์คเกอร์ยังอยู่ข้างใน