แฟ้มลับคดีพิศวง

เทปวงจรปิดอาจจะทำให้การสืบสวนผู้ช่วยผู้อำนวยการเคิร์ชของด็อกเกตต์ต้องชะงักลง สาวสวยคนหนึ่งที่มีความสามารถในการดำอยู่ใต้น้ำได้บุกเข้าไปที่สำนักงานเอฟบีไอ ส่วนมัลเดอร์หายตัวไป

ในขณะที่ด็อกเกตต์สืบสวนเคิร์ชต่อไป เขาก็พยายามเผยความจริงเกี่ยวกับหญิงคนหนึ่งที่มีพลังเหนือมนุษย์ไปด้วย เธอเกี่ยวข้องกับการทดลองวิทยาศาสตร์ในเรือสงครามโลกครั้งที่สองและอาจจะกำลังช่วยเขาอยู่

ทีมเจ้าหน้าที่พยายามหาจุดเชื่อมโยงระหว่างผู้ป่วยทางจิตคนหนึ่งกับคดีฆาตกรรมประหลาดหลายคดีที่เกี่ยวข้องกับซาตาน

เจ้าหน้าที่เรเยสสันนิษฐานว่าฆาตกรโรคจิตคนหนึ่งที่ทำร้ายด็อกเกตต์จนบาดเจ็บสาหัสอาจจะเข้ามายังโลกของเราจากมิติคู่ขนาน

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนคดีฆาตกรรมวัยรุ่นคนหนึ่งที่เสียชีวิตหลังจากแมลงกัดกินสมองของเขา

สกัลลี่ผูกมิตรกับคู่รักคู่หนึ่งที่เชื่อว่าลูกน้อยของพวกเขามีคุณลักษณะจากนอกโลกเช่นเดียวกับเจ้าหนูวิลเลียม และหน่วยปฏิบัติการผู้ลึกลับได้โน้มน้าวให้สกัลลี่ติดต่อมัลเดอร์เพื่อล่อเขาออกมาจากการกบดาน

เจ้าหน้าที่ด็อกเกตต์ตื่นขึ้นมาในเมืองที่เน่าเฟะและเต็มไปด้วยความรุนแรงแห่งหนึ่งในเม็กซิโก โดยไม่มีความทรงจำเกี่ยวกับตัวตนที่แท้จริงของตัวเองหลงเหลืออยู่เลย

เรเยสรู้สึกได้ว่าตัวเองมีความเกี่ยวข้องบางอย่างกับคดีฆาตกรรมต่อเนื่องสุดโหดร้ายที่เคยเกิดขึ้นมากว่าหนึ่งศตวรรษที่แล้ว เหยื่อในคดีเหล่านี้โดนถลกหนังทั้งเป็น

เมื่อลัทธิทางศาสนาในแคนาดาได้ค้นพบยานอวกาศลำหนึ่งซึ่งคล้ายคลึงกับลำที่สกัลลี่เจอในแอฟริกา แผนการฆ่าเจ้าหนูวิลเลียมจึงเริ่มขึ้น

ในขณะที่สกัลลี่พยายามอย่างสิ้นหวังในการตามหาตัวลูกชาย สมาชิกของลัทธิทางศาสนาก็เตรียมพร้อมที่จะเข้าไปในยานอวกาศที่พวกเขาเชื่อว่ามีสัญลักษณ์แห่งพระเจ้าอยู่

เจ้าหน้าที่เรเยสได้รับบาดเจ็บจากอุบัติเหตุรถยนต์ เธอติดอยู่ในโลกระหว่างความเป็นและความตาย ความหวังเดียวของเธอตกอยู่ในมือเจ้าหน้าที่โรงพยาบาลคนหนึ่งที่สามารถเชื่อมโลกทั้งสองเข้าด้วยกันได้

เมื่อหลักฐานจากดีเอ็นเอได้ล้างมลทินให้กับฆาตกรคนหนึ่งที่ด็อกเกตต์มีส่วนช่วยจับกุมตัวเมื่อ 13 ปีก่อน ด็อกเกตต์จึงหมกมุ่นกับการส่งชายคนนั้นกลับเข้าคุกก่อนที่เขาจะลงมืออีกครั้ง

เมื่อเรเยสใช้ศาสตร์แห่งตัวเลขเพื่อปะติดปะต่อหาความเชื่อมโยงระหว่างคดีฆาตกรรมผู้หญิงหลายคดี เธอและสกัลลี่กลับต้องติดอยู่กับผู้ชายเล่นหมากฮอสผู้ลึกลับซึ่งอาจจะใช่ฆาตกรหรือไม่ใช่ก็ได้

เด็กผู้ชายคนหนึ่งเป็นศูนย์กลางของเหตุการณ์ลึกลับสุดอันตรายซึ่งเกี่ยวข้องกับสัตว์ประหลาดที่อาศัยในร่างกายมนุษย์

เมื่อมอร์ริส เฟลตเชอร์อ้างว่ารู้ตัวตนของทหารเหนือมนุษย์ เรเยสและด็อกเกตต์จึงขอให้โลนกันเมนช่วย ส่งผลให้ทั้งคู่ต้องออกตามหาตัวอีฟ อเดล ฮาร์โลว์เพื่อนเก่าที่เป็นผู้ต้องสงสัยคดีฆาตกรรมศาสตราจารย์

ทีมเจ้าหน้าที่กักตัวผู้ชายที่มีแผลเป็นสุดสยองคนหนึ่งหลังจากเขาบุกเข้ามาในสำนักงานเอ็กซ์ไฟลส์และพยายามตามหาตัวตนที่แท้จริงของตัวเอง ด็อกเกตต์เชื่อว่าผู้ชายคนนี้คือฟ็อกซ์ มัลเดอร์

เจ้าหน้าที่เอฟบีไอฝึกหัดคนหนึ่งซึ่งมีสัญชาตญาณในการไขคดีได้เปิดมุมมองใหม่ในคดีฆาตกรรมลูกชายด็อกเกตต์ที่ยังค้างคาอยู่

เจ้าหน้าที่พยายามปะติดปะต่อเรื่องราวเมื่อการตายแปลกประหลาดหลายคดีเกี่ยวข้องกับผู้ชายคนหนึ่งซึ่งอาศัยอยู่ในบ้านที่แกะจากซีรีย์โทรทัศน์ชื่อ "เดอะเบรดี้บันช์" ซึ่งเหมือนจริงขนาดมีครอบครัวเบรดี้อยู่ด้วย

มัลเดอร์ถูกกล่าวหาว่าฆ่าโนว์ล โรห์เรอร์และโดนกองทัพจับไต่สวน พวกเขาจึงได้ฟังคำให้การของพยานฝั่งจำเลยที่สนับสนุนเรื่องที่มัลเดอร์อ้างเกี่ยวกับการสมคบคิดของรัฐบาลและการมีอยู่ของสิ่งมีชีวิตต่างดาว

ด้วยความช่วยเหลือจากเพื่อนๆ มัลเดอร์หลุดจากคุกทหารมาได้และออกเดินทางเพื่อตามหาชายคนหนึ่งที่สามารถบอกความจริงเกี่ยวกับการสมคบคิดของรัฐบาลได้