แฟ้มลับคดีพิศวง

เจ้าหน้าที่จอห์น ด็อกเกตต์นำทีมเอฟบีไอออกไล่ล่ามัลเดอร์ที่หายตัวไป ในขณะที่สกัลลี่และสกินเนอร์ใช้ข้อมูลจากโลนกันเมนเพื่อตามหาเพื่อนร่วมงานของพวกเขา

ในขณะที่สกัลลี่ สกินเนอร์ และด็อกเกตต์กำลังตามหากิบสัน เพรซที่หายตัวไป พวกเขาก็ได้เจอกับมนุษย์ต่างดาวนักล่าค่าหัวที่ใช้ความสามารถในการเปลี่ยนแปลงรูปร่างเพื่อหลอกเอฟบีไอและสังหารเด็กคนนั้น

สกัลลี่และด็อกเกตต์สืบสวนคดีฆาตกรรมหลายคดีเกี่ยวกับสัตว์ประหลาดสุดสะพรึงที่มีรูปร่างคล้ายค้างคาว

สกัลลี่ติดอยู่ในพื้นที่ห่างไกลในเมืองที่ผู้คนนับถือบูชาคนคนหนึ่งที่เคยโบกรถติดมา

จู่ๆ เด็กผู้ชายคนหนึ่งที่หายตัวไปเมื่อสิบปีก่อนก็ปรากฏตัวอีกครั้ง โดยที่เขาไม่แก่ขึ้นเลยแม้แต่วันเดียว

ชายคนหนึ่งที่โดนกล่าวหาว่าฆ่าภรรยา รู้ตัวว่าได้รับโอกาสแก้ไขข้อผิดพลาดในอดีตอีกครั้ง

ด็อกเกตต์สืบสวนผู้นำลัทธิคนหนึ่งที่ดูเหมือนจะมีพลังในการไปปรากฏตัวในฝันของเหยื่อ ส่วนสกัลลี่ต้องเข้าโรงพยาบาล

ทีมเจ้าหน้าที่ตามหาฆาตกรคนหนึ่งที่ดูเหมือนจะมีพลังในการมองเห็นทะลุกำแพง

สกัลลี่และด็อกเกตต์ตามรอยผู้ชายที่มีร่างกายเป็นโลหะซึ่งตั้งใจจะฆ่าทุกคนที่เป็นต้นเหตุทำให้เขาเป็นแบบนี้

ทีมเจ้าหน้าที่ตามล่าพ่อมดชาวอินเดียคนหนึ่งที่มีพลังควบคุมความคิดผู้อื่น

ด็อกเกตต์พยายามไขปริศนาเกี่ยวกับมัลเดอร์และสัตว์ประหลาดในตำนานที่เกี่ยวข้องกับปูมหลังของชาวพื้นเมืองในอเมริกัน

ด็อกเกตต์และทีมผู้เชี่ยวชาญต้องแข่งกับเวลาเพื่อไขปริศนาเกี่ยวกับความตายสุดประหลาดในอุโมงค์ใต้ดินของบอสตัน

สกัลลี่กลัวว่าเธอกับหญิงตั้งครรภ์อีกคนจะคลอดลูกออกมาเป็นมนุษย์ต่างดาว

สกัลลี่ ด็อกเกตต์ สกินเนอร์ ร่วมด้วยเจ้าหน้าที่เอฟบีไอโมนิก้า เรเยสออกตามหาตัวเจเรไมอาห์ สมิธ หลังจากที่ยูเอฟโอได้มายังโลกและดูดร่างกลุ่มคนผู้อ่อนแอที่มีประวัติโดนลักพาตัวไป

หลังจากฝังร่างมัลเดอร์เสร็จ ศพของคนที่เคยโดนลักพาตัวไปกลับฟื้นคืนมามีชีวิตอีกครั้ง และนั่นทำให้สกัลลี่กับสกินเนอร์มีหวัง

ความพยายามของพนักงานสำรวจสำมะโนครัวสหรัฐอเมริกาที่พยายามเตือนทำเนียบขาวเกี่ยวกับการรุกรานของมนุษย์ต่างดาว จุดประกายให้มัลเดอร์ออกไปค้นคว้าในศูนย์รวบรวมข้อมูล

ทีมเจ้าหน้าที่ตามหาผู้ชายคนหนึ่งที่อาจจะมีส่วนเกี่ยวข้องกับการตายของลูกชายด็อกเกตต์เมื่อหลายปีก่อน ซึ่งผู้ชายคนนี้อาจจะโดนปีศาจร้ายเข้าสิงอยู่

มัลเดอร์และด็อกเกตต์ติดอยู่บนแท่นขุดเจาะน้ำมัน ซึ่งทีมงานที่ดูแลแท่นเจาะนี้ติดเชื้อไวรัสน้ำมันสีดำปริศนา

มัลเดอร์ตามหาด็อกเกตต์และคู่หูใหม่ของเขาหลังจากพวกเขาติดอยู่กับสัตว์ประหลาดเลื้อยคลานสุดอันตรายตัวหนึ่ง

บิลลี่ ไมล์สที่ดูเหมือนจะไร้เทียมทานเริ่มไล่ฆ่านักวิทยาศาสตร์ที่ศึกษาเกี่ยวกับพันธุกรรม ก่อนจะเบนเป้าไปที่สกัลลี่

มัลเดอร์พยายามหาคำตอบเมื่อเขาเจอความเชื่อมโยงระหว่างบิลลี่ ไมล์สกับเจ้าหน้าที่เอฟบีไอ ในขณะที่สกัลลี่และเรเยสเจอที่พักพิงในที่ห่างไกลพร้อมๆ กับที่สกัลลี่เตรียมจะคลอดลูก