แฟ้มลับคดีพิศวง

ในขณะที่สกัลลี่กำลังสุ่มเสี่ยงจะโดนปลดจากเอฟบีไอ การตามหาตัวเจ้าหน้าที่มัลเดอร์ที่หายตัวไปก็เริ่มต้นขึ้น

ในขณะที่ทีมจู่โจมของรัฐบาลกำลังใกล้เข้ามาถึงตัวเจ้าหน้าที่ทั้งสอง มัลเดอร์ก็ออกค้นหาเบาะแสความเชื่อมโยงระหว่างพ่อของเขากับโครงการลับ

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนการตายของคนหนุ่มสาวหลายคนที่โดนฟ้าผ่าในเมืองเล็กๆ เมืองเดียวกัน

ผู้ชายคนหนึ่งที่มีพลังจิตช่วยเหลือทีมเจ้าหน้าที่ตามล่าฆาตกร

นักโทษคนหนึ่งโดนประหารด้วยเก้าอี้ไฟฟ้า แต่ศัตรูของเขากลับเริ่มเสียชีวิตไปทีละคน

เหล่าเจ้าหน้าที่ตามไล่ล่าฆาตกรที่ใช้อินเทอร์เน็ตล่อลวงเหยื่อ

ผู้พิการที่ขาและแขนขาดทั้งสองข้างตกเป็นผู้ต้องสงสัยหลักในคดีฆาตกรรมต่อเนื่องสุดประหลาด

ผู้หญิงคนหนึ่งเชื่อมโยงทางจิตกับวัยรุ่นที่ถูกชายโรคจิตจับตัวไป

วิดีโอชันสูตรศพมนุษย์ต่างดาวและการฆาตกรรมทูตชาวญี่ปุ่นเป็นแรงผลักดันให้มัลเดอร์ตามหาสัตว์ประหลาดตัวหนึ่งบนรถไฟ ส่วนสกัลลี่ได้เจอกับคนกลุ่มหนึ่งที่เปิดเผยข้อมูลเกี่ยวกับการหายตัวไปของเธอ

เมื่อมัลเดอร์ติดอยู่บนรถไฟที่มีระเบิดติดตั้งอยู่ สกัลลี่จึงออกค้นหาความจริงว่ารัฐบาลเกี่ยวข้องกับการทดลองลับอย่างไร

สกัลลี่พยายามปกป้องเด็กชายคนหนึ่งเพราะการตายของเขาอาจจะทำให้เกิดโลกาวินาศได้

ทีมเจ้าหน้าที่เข้าช่วยเหลือเมืองแห่งหนึ่งที่กำลังโดนโจมตีโดยแมลงสาบนักฆ่า

เมื่อดวงดาวโคจรมาเรียงตัวกันในลักษณะที่หาดูได้ยาก สองสาววัยรุ่นจึงได้รับพลังจิตสุดอันตรายไปครอบครอง

มัลเดอร์หมกมุ่นกับคดีหนึ่งเกี่ยวกับฆาตกรต่อเนื่องที่อ้างว่าตัวเองถูกสิงโดยตัวการ์กอยล์

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนเรื่องน่าฉงนเกี่ยวกับเครื่องบินสมัยสงครามโลกครั้งที่สองลำหนึ่งที่จมลงใต้ทะเล

มัลเดอร์ค้นพบเบาะแสเพิ่มเติมเกี่ยวกับการที่รัฐบาลปกปิดข้อมูลเรื่องมนุษย์ต่างดาวและเครื่องบินสมัยสงครามโลกครั้งที่สองซึ่งจมอยู่ใต้ทะเล สกัลลี่ตามล่าผู้ชายที่ฆ่าพี่สาวของเธอ

ทีมเจ้าหน้าที่เล่นเกมแมวจับหนูสุดอันตรายกับฆาตกรที่ควบคุมจิตใจคนอื่นได้

หลังจากที่ทีมนักโบราณคดีได้ขุดพบโกศศักดิ์สิทธิ์ในทวีปอเมริกาใต้และส่งมายังพิพิธภัณฑ์บอสตัน พวกเขาก็โดนคำสาป มัลเดอร์และสกัลลี่จึงต้องเข้าไปสืบ

ทีมเจ้าหน้าที่ลงมือสืบสวนเกมสุดอันตรายในย่านไชน่าทาวน์ของซานฟรานซิสโก

สกัลลี่เล่าเกี่ยวกับการสืบสวนเหตุการณ์พบเห็นยูเอฟโอให้นักเขียนชื่อดังฟังเมื่อเขามาค้นคว้าข้อมูลไปเขียนนิยายเล่มใหม่

สกินเนอร์กลายเป็นผู้ต้องสงสัยหลักในคดีฆาตกรรมโสเภณี

มัลเดอร์สงสัยว่าสัตว์ร้ายที่คล้ายคลึงกับสัตว์ประหลาดล็อกเนสเป็นสิ่งที่ฆ่าคนมากมายที่อาศัยอยู่ในบริเวณริมทะเลสาบขนาดใหญ่

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนการฆาตกรรมหลายคดีที่เกี่ยวข้องกับอุปกรณ์ปรับแต่งสัญญาณโทรทัศน์

เมื่อแม่ของมัลเดอร์ล้มป่วยจากโรคหลอดเลือดสมอง เขาจึงออกตามหามนุษย์ต่างดาวที่มีพลังการเยียวยาราวกับปาฏิหาริย์