แฟ้มลับคดีพิศวง

หลังจากความสัมพันธ์ของมัลเดอร์และสกัลลี่สิ้นสุดลง ทั้งสองได้กลับมาเจอกันอีกครั้งโดยมีพิธีกรทีวีจุดกระแสการสมคบคิดของรัฐบาลและเชื่อว่าการลักพาตัวของมนุษย์ต่างดาวเป็นปฏิบัติการบังหน้า

นักวิทยาศาสตร์ที่ทำงานให้กระทรวงกลาโหมฆ่าตัวตาย มัลเดอร์และสกัลลี่เริ่มสืบสวนจนค้นพบการทดลองลับเกี่ยวกับการกลายพันธุ์

มัลเดอร์เริ่มตั้งคำถามเกี่ยวกับความเชื่อของเขาที่มีต่อสิ่งที่อธิบายไม่ได้ เขาจึงไม่ด่วนสรุปและพยายามรวบรวมหลักฐานเกี่ยวกับสัตว์ประหลาดตัวใหม่ที่เขากับสกัลลี่กำลังสืบสวนอยู่

เมื่อข้าราชการคนหนึ่งถูกฆาตกรรม สิ่งที่ฆ่าเขาดูไม่น่าใช่มนุษย์ ส่วนสกัลลี่เกิดความรู้สึกที่ลึกซึ้งเกี่ยวกับลูกของเธอที่เธอปล่อยให้คนอื่นรับเลี้ยงไป

เมื่อหอศิลป์ถูกวางระเบิด มัลเดอร์และสกัลลี่ต้องหาทางสื่อสารกับมือระเบิดที่อยู่ในอาการโคม่าเพื่อหยุดการโจมตีครั้งต่อไป เอฟบีไอรุ่นใหม่สองคนที่ทำคดีนี้บีบให้สกัลลี่และมัลเดอร์ทบทวนความเชื่อของตัวเอง

เมื่อคนทั่วประเทศล้มป่วยอย่างรุนแรง สกัลลี่จึงตามหาวิธีรักษา ส่วนมัลเดอร์เผชิญหน้ากับผู้ชายที่เขาเชื่อว่าอยู่เบื้องหลัง แต่คนในอดีตอาจจะเป็นกุญแจสำคัญในการเอาชีวิตรอดครั้งนี้