นินจาโก: มังกรผงาด

หลังจักรวาลปั่นป่วนจากปรากฏการณ์พิศวงที่เรียกว่า "การผสาน" เด็กหนุ่มที่อยากเป็นยอดนินจากับสาวน้อยนักประดิษฐ์สมองใสก็ต้องพึ่งพากันและกันในโลกใหม่ที่ไม่คุ้ยเคย

อารินกับโซระได้รับพลังใหม่ที่อาจจะช่วยในการต่อกรกับเหล่านักล่ามังกร แต่นินจาเขียวจะสอนให้ทั้งคู่ควบคุมพลังพิเศษนี้ได้ไหม

ในวันฝึกวิชา อารินกับโซระแอบหนีออกจากสำนักมาเที่ยวงานเทศกาลสี่แยก แต่ทั้งคู่ก็มาพัวพันกับแผนการอันชั่วร้ายที่กลายเป็นบทสอบความสามารถ

เมื่อเรือเหาะบาวน์ตี้หวนกลับมาโดยไม่มีกัปตัน อาริน โซระ และลอยด์จึงสืบสาวหาเบาะแสว่าเกิดอะไรขึ้นกับไค นี่คือกับดัก... หรืออาจจะแย่กว่านั้น

เพื่อปกป้องราชอาณาจักรเมฆ เหล่านินจาต้องช่วยกันส่งอสุรกายหนวดยั้วเยี้ยกลับไปในที่ที่มันจากมา แล้วปิดช่องโหว่ของมิติโดยเร็วที่สุด

เหล่านินจารับมือกับอสูรเหล็กที่โค่นไม่ลงอย่างโฟแท็ค โซระเชื่อว่าทางเดียวจะทำลายอสุรกายเหล่านี้ได้ คือการเดินทางไปยังอิมพีเรียม

ในอิมพีเรียม อารินสอนกระบวนท่าให้หนุ่มสาวในหน่วยปราบปรามอาชญากรรม โซระรับมือวายร้ายที่มีปมเกี่ยวพันในอดีต ส่วนลอยด์ก็ต้องช่วยปรมาจารย์แห่งธาตุที่ถูกจองจำ

เหล่านินจาต้องช่วยมังกรที่ถูกจับไว้ เร่งแก้สถานการณ์เฉพาะหน้า แล้วยังต้องหาทางออกจากอิมพีเรียมทางประตูใหญ่ ก่อนที่พวกโฟแท็คจะมาดักทาง

โซระเจาะฐานข้อมูลของอิมพีเรียมเพื่อหาเบาะแสเกี่ยวกับไรยู นีย่ากับไคก็สำรวจช่องทางที่ดูลึกลับ ลอยด์นำทัพต่อกรกับกองทัพโฟแท็คในศึกใหญ่

นินจาไม่เคยยอมแพ้ นีย่า ไค และเซนนำความหวังมาสู่พวกพ้องที่กำลังสู้ศึกกับอิมพีเรียม ขณะที่ลอยด์ก็ค้นพบปริศนาที่ซ่อนอยู่ลึกลงไปใต้เมือง

เพื่อหยุดยั้งไม่ให้แผ่นดินผสานไหวรุนแรงขึ้น เหล่านินจาจึงเดินทางไปยังวิหารแก่นมังกร เพื่อเรียนรู้เกี่ยวกับสิ่งที่เรียกว่า "แผ่นดินรวมตัว"

เมื่อเหล่านินจาต้องกระจายกันไปตามหาแก่นมังกรทั้งสาม อารินและลอยด์เลือกเดินทางโดยเรือบิน แต่กลับเจอเรื่องวุ่นจนต้องขอความช่วยเหลือจากหมู่บ้านเกษตรกรปลูกสาหร่ายที่รักสันติ

คุณโฟรฮิคกี้และเซนมุ่งหน้าไปยังทางแยก เพื่อตามหาลวดไวโคเนียม ขณะเดียวกัน แผนเล่นแผลงๆ ของไวลด์ไฟเออร์ก็ทำให้ภารกิจตามหาแก่นมังกรของเธอกับไคยุ่งยากขึ้น

หินผู้แสวงหาของนีย่านำเธอและโซระไปเจอสิ่งที่ทั้งคู่ไม่ได้ตามหา ต่อมา คุณโฟรฮิคกี้ก็รับหน้าที่เป็นผู้ช่วยผู้พิทักษ์วิหารของเซน แต่ไม่ว่าทำอะไรก็ดูเหมือนจะผิดไปหมด

โซระและนีย่าตามหาแก่นมังกรโดยใช้เข็มทิศเวทมนตร์ ขณะเดียวกัน อารินและลอยด์ต้องเผชิญบททดสอบในสวนมารดา ส่วนไวลด์ไฟเออร์กับไคเล่นเกมชิงของกัน

ในดินแดนของสิ่งที่สูญหาย นีย่าได้พบเพื่อนเก่า ขณะเดียวกัน โซระออกตามหาแหล่งพลังอื่น เพื่อกำจัดสัตว์ประหลาด ณ ที่เก็บขยะ ซึ่งมีชื่อว่า​ "ตัวเก็บขยะ"

ลอยด์กับอารินเดินทางมาถึงกรมการปกครอง และได้รู้ว่าแก่นมังกรจะถูกทำลาย หากทั้งคู่ไม่รีบยื่นเอกสารที่ถูกต้องเพื่อหยุดยั้ง

ขณะที่เหล่านินจาพยายามหาทางผ่านสนามพลังของอิมพีเรียม ส่วนจักรพรรดินีเบียทริกซ์ก็ลองทดสอบอาวุธน่ากลัวซึ่งขับเคลื่อนด้วยแก่นมังกรที่ขโมยมา

เหล่านินจาต้องร่วมมือกับคนวงใน เพื่อเปิดโปงพฤติกรรมที่โหดร้ายของจักรพรรดินีเบียทริกซ์ที่กระทำผิดต่อเหล่ามังกร ให้ประชาชนผู้ไม่รู้อิโหน่อิเหน่ของอิมพีเรียมได้รู้

จักรพรรดินีเบียทริกซ์ออกแผลงฤทธิ์ ซึ่งส่งผลให้แผ่นดินผสานไหวทวีความรุนแรงยิ่งขึ้นจนวิกฤติ เหล่านินจาจึงต้องร่วมมือกันเพื่อหาทางปกป้องโลก